در سال ۱۳۶۵تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی ایران قرار گرفت و دانشجویان پزشکی، کارورزان و دستیاران برای سپری کردن دوره‌های آموزشی مربوطه به این مرکز معرفی شدند. در سال ۱۳۷۱، در رشته‌های فوق­ تخصصی نوزادان، جراحی کودکان، خون و سرطان کودکان، غدد کودکان و کلیه کودکان بخش‌های آموزشی به تربیت دستیاران فوق ­تخصصی در این رشته‌ها پرداختند و کمک اساسی به استان‌های مختلف کشور شد، به نحوی که در حال حاضر در اغلب استان‌های کشور فارغ­­ التحصیلان این مرکز به­ عنوان متخصص یا فوق تخصص، مشغول ارائه خدمت هستند.

در سال ۱۳۷۵ بخش‌های گوارش کودکان، اعصاب کودکان، دندان­‌پزشکی کودکان و دیالیز به بخش‌های موجود اضافه شد. تأسیس خوابگاه وسیع دستیاران و انترن‌ها از اقدامات این دوران بود. در سال‌ ۱۳۸۳، سید جواد نصیری فوق­ تخصص جراحی کودکان، ریاست بیمارستان را به عهده گرفتند. در دوران ریاست ایشان بخش‌های  PICU و ‌NICU توسعه یافت و بخش‌ روان­پزشکی آغاز  به ­کار نمود. در این دوره، بنیاد خیریه کامرانی با در اختیار گذاشتن یک طبقه از ساختمان گامانایف، امکان انتقال کلیه درمانگاه‌های فوق­­ تخصصی را به یک محل مناسب و استاندارد فراهم کرد. هم­چنین با تلاشی همگانی، فضاهای فیزیکی اتاق عمل، بخش خون، بخش جراحی و بخش عمومی به­ طور کامل بازسازی و تجهیز شدند.

پاییز سال ۹۲، واحد رادیولوژی نیز با پی­گیری‌های مستمر مسئولین و با همت خیرین محترم بازسازی و با دستگاه‌های‌DR ، PACS وCRو CT scanتجهیز گردید. در اواخر سال ۹۲، نوسازی و تجهیز بخش PICU بیمارستان به اتمام رسید و با افزایش ظرفیت به ۱۸ تخت، مورد بهره‌برداری قرار گرفت. در سال ۹۳، بخش اورژانس بیمارستان تخریب شده و براساس استانداردهای موجود بازسازی شد.